Under vissa tider på året innehåller de mikroskopiska planktonen toxiner. Dessa toxiner är helt naturligt producerade och har ingenting att göra med utsläpp från mänsklig aktivitet och är inte konstigare än att det finns giftiga svampar. Musslorna får i sin tur i sig toxinerna när de äter planktonen. När vi äter musslor med för höga toxinhalter blir vi dåliga i magen. Man har studerat sambandet mellan toxinproducerande alger och musslor länge men ännu återstår forskning innan man har klart för sig exakt vad som egentligen händer. Vad man emellertid vet är att toxinerna försvinner ur musslorna när algerna inte innehåller toxin. Det medför att musslorna vissa tider är ätliga medan de under andra perioder är giftiga. EU har satt upp ett regelsystem när det gäller skörd av musslor, som Sverige också följer. Livsmedelsverket har det övergripande ansvaret för att inga oätliga musslor kommer ut på marknaden, men det är odlarna själva som har det direkta ansvaret.

Det vanligaste toxinet är okadasyra och dess derivat, oftast betecknat DST. Om musslorna innehåller höga halter av detta toxin resulterar det i illamående, kräkningar och diarré. Symtomen är kortvariga, något dygn, men obehagliga. Det kan vara svårt att skilja dessa symtom från magsjuka orsakad av virus. Möjligen kommer symtomen snabbare, inom 4 timmar. Högsta tillåtna nivå i musslorna är 160 [g/kg mussla. Musslor måste regelbundet kontrolleras för att kunna säljas som livsmedel. Livsmedelsverket står för en stor del av de tester som genomförs och följer i sin kontrollverksamhet EU-direktiv 91/492 EEC. Detta direktiv stadgar att kontroll skall ske även av algerna som förekommer i vattnet och antalet alger av de sorter som man vet kan innehålla  toxin. Utöver denna kontroll skall företaget som säljer musslorna också kontrollera varje parti, som säljs. Kontrollen gäller dessutom humana tarmbakterier, s.k E-coli bakterier. Av andra toxiner som kan förekomma i musslor utförs i Sverige kontroll av PST, ett toxin som påverkar nervsystemet och vid svåra förgiftningar kan ge dödlig utgång. Toxinet har påträffats i Sverige men hittills inte i nivåer överstigande gränsvärdet.

När det gäller övriga livsmedelstekniska krav såsom hygien, lokaler, egenkontroll och liknande så ligger kontrollen på det lokala planet, vanligtvis kommunens miljö- och hälsokontor samt länsveterinären.